游城十代在前往决斗学( xué)院实技测验的途中，偶遇( yù)了传说中的决斗者武藤( téng)游戏，并从他手中获得一( yī)张幸运卡“天使小精灵”。与( yǔ)此同时，一个名为七星的( de)神秘团体出现了，它的目( mù)的是夺取被封印在决斗( dòu)学院地底遗迹中拥有毁( huǐ)灭世界力量的三幻魔。 游( yóu)城十代及大德寺老师等( děng)人被选为遗迹的守护者( zhě)，与七星展开了黑暗决斗( dòu)。后来众人意外发现大德( dé)寺老师也是七星的成员( yuán)之一，十代打败大德寺老( lǎo)师，彻底挫败了七星的阴( yīn)谋，并得到贤者之石的卡( kǎ)片。 三幻魔事件结束后，原( yuán)来的伙伴们相继离开决( jué)斗学院，一众新生入学。游( yóu)城十代受到“光之波动”的( de)影响，无法进行卡牌决斗( dòu)。之后，游城十代遇到了来( lái)自新空间的使者，找回了( le)对决斗的热忱与兴致。 不( bù)久后，前往童实野町毕业( yè)旅行的十代一行人，被强( qiáng)迫接受斋王美寿知的考( kǎo)验，并得知了“光之波动”的( de)真相。回到决斗学院后，鲛( jiāo)岛校长宣布新世代大赛( sài)开幕。这场原本只是让学( xué)生和职业决斗者交流，进( jìn)而提升决斗能力的活动( dòng)，却意外成了关系到地球( qiú)存亡的事件。在最后的对( duì)决中，十代向斋王挑战，成( chéng)功打败被“破灭之光”操控( kòng)的斋王，拯救了世界。